vsheg.com
Posts
Teaching
Contact
Categories
admin
chemistry
chemoinformatics
machine learning
mathematica
molecular dynamics
networks
python
russian
Blog & notes
Running Tailscale DERP server behind Caddy
networks
When setting up a self-hosted DERP (Designated Encrypted Relay for Packets) server for Tailscale, you might encounter a situation where port 443 on your host machine is…
Apr 12, 2025
Fedora: Downgrade kernel
admin
Fedora’s approach to kernel updates is like a ‘rolling release’. Kernels are updated frequently, and this may break your system. After I applied Fedora updates, it installed…
Feb 26, 2025
Hiding VPN behind Caddy web server on port 443
networks
VLESS VPN protocol implemented in Xray can use HTTP for transport, allowing web servers to handle traffic proxying, encryption, and custom routing.
Jan 22, 2025
uv
as a system-wide Python environment manager
python
Creating new virtual environments for each project during quick prototyping, data analysis, or machine learning can be cumbersome. While managing a global environment with
pip
…
Dec 22, 2024
Visualizing conditional probability
machine learning
Conditional probability is a fundamental concept in probability theory; however, its interpretation is not always intuitive. Here, an easy-to-visualize example is used to…
Oct 31, 2023
Оценка структурной схожести молекул
chemoinformatics
russian
Важными задачами хемоинформатики являются
а
) оценка схожести химических структур,
б
) поиск наиболее похожих и
в
) наиболее непохожих молекул в наборе, однако, не существует…
Sep 1, 2021
Вычислительная алхимия
molecular dynamics
russian
В классическом молекулярном моделировании решается задача наиболее полного описания исследуемой системы: хорошая модель должна быть столь физична, сколь возможно этого…
Aug 1, 2021
Теория возмущений свободной энергии
molecular dynamics
russian
Метод возмущений свободной энергии FEP (
free energy perturbation
) и термодинамическое интегрование TI (
thermodynamic integration
) — два важных подхода вычислительной химии…
Jul 1, 2021
Молекулярный докинг
molecular dynamics
russian
Молекулярная динамика позволяет во времени наблюдать взаимодействие лиганда с ферментом и оценить силу их связывание, однако, применение этого метода невозможно для оценки…
Jun 1, 2021
Метадинамика
molecular dynamics
russian
Фазовое пространство молекулярно-динамической траектории сложно анализировать непосредственно, но из него можно выделить некоторое полезное подмножество координат, после…
May 1, 2021
Интегрирование уравнений движения в молекулярной динамике
molecular dynamics
russian
Задача МД сводится к решению дифференциального уравнения Ньютона для каждой частицы, всего таких уравнений
N
в векторной форме или
3N
в скалярной (для трёхмерного…
Apr 1, 2021
Силовые поля в молекулярной динамике
molecular dynamics
russian
Молекулярная динамика (МД) исторически складывалась как прикладная область — многие ключевые методы были разработаны так, чтобы стать частью прикладного программного…
Mar 1, 2021
Оценка термодинамических микро- и макропараметров в классической молекулярной динамике
molecular dynamics
russian
Для описания МД систем применяют методы статистической механики, биологические системы обычно моделируют в NPT-ансамбле, в нём число частиц, давление и температура…
Feb 1, 2021
Молекулярные взаимодействия в классической молекулярной динамике
molecular dynamics
russian
В классической молекулярной динамике (МД) молекулы
1
представляются в виде идеализированных систем, состоящих из материальных точек — абстрактных моделей атомов и ионов. Эти…
Jan 1, 2021
Modeling flammability limits in hydrogen-air mixtures using
Mathematica
chemistry
mathematica
This post demonstrates how to use Mathematica to calculate and visualize the 3 flammability limits that occur in hydrogen-air mixtures. The implementation calculates…
May 5, 2020
Calculation of pH titration curves in
Mathematica
chemistry
mathematica
Computer algebra systems are useful for solving chemical equilibria. Here, a simple example is presented: the titration of a dibasic acid with a strong base. The goal is to…
Nov 5, 2018
No matching items
